殺害楊漣、熊廷弼的事情，天啟皇帝的責任很大。但是朱由檢不能指責把皇位傳給自己的兄長，所以隻能讓閹黨背鍋。
不過什麼事都讓閹黨背鍋，可能有人不服。為了避免有人指責自己皇兄，朱由檢就把熊廷弼和楊漣等人的案子合並，提醒世人熊廷弼之死也有東林黨的一份——
熊廷弼後人想要抱怨，那就把東林黨和閹黨一起怨上。
東林黨如果不滿意，不想給熊廷弼平反，那麼楊漣等人也彆想翻案。因為楊漣等人被閹黨栽贓的罪名，就是收受楊鎬、熊廷弼的賄賂，牽連進了這樁死刑案。要想翻案的話，就得從根源上為熊廷弼平反。
這些想法，在朱由檢腦海中閃過。同時也讓他認識到，黨爭這種事情，是不講道德人品的。楊漣堅貞不屈，很多人都佩服他，但是再好的品德，也改變不了他曾經黨同伐異。
對這個人的遭遇很憐憫，朱由檢想到自己登極時的遭遇，有心褒揚從龍功勞，又下令道：
“楊漣在輔佐先帝登極上有功勞，蔭一子東寧衛百戶，再蔭一子入太學讀書。”
“方從哲、孫如遊、劉一燝、周嘉謨、左光鬥同樣按此蔭敘。”
“王安已經蔭他弟弟王元善東寧衛正千戶，張維賢在輔佐先帝和朕登極上都有功勞，蔭一子東寧衛指揮僉事。”
“其餘被閹黨用移宮案陷害的，全部予以重審。”
移宮案是必須翻案的，否則沒有人願意投靠皇帝當從龍功臣。
梃擊案、紅丸案就算了，朱由檢打算隻追究當事人，不想像東林黨那樣擴大化。
天啟皇帝說的“借梃擊以邀首功、借紅丸以快私怨、借移宮以貪定策之勳”，未必沒有道理。隻是朱由檢出於政治考慮，必須給移宮案翻案而已。
對這些案件的處理方針給出具體指示，朱由檢讓劉僑加快對詔獄中羈押人員的審理，儘量把犯人轉給刑部刑罰司，交給大理寺審判。
然後他轉向戚昌國和李順祖，詢問道：
“南司房組建得怎麼樣了？”
“各廳運轉得如何，有沒有什麼問題？”
兩人紛紛表示，沒有多大問題。人事、後勤、裝備、訓練分工非常明確，而且是後世行之有效的製度。戚昌國和李順祖雖然對這種劃分不熟悉，卻覺得比以前有條理多了，正在磨合之中。
不過朱由檢對人事廳的名字，卻是微微皺眉。因為他想到政務署人事科被改為了吏政科、宮中內官司設立了職官處。