孫承宗也不負眾望，到了遼東之後，隻用五個月時間，便理順遼東局勢，兵民安定，文武和睦。當前遼東局麵，就是孫承宗奠定的。
同時，孫承宗支持登萊巡撫袁可立，以毛文龍、沈有容等收複遼南，讓後金疲於奔命，難以威脅遼東。“關門息警，中朝宴然，不複以邊事為慮”。
但是好景不長，因為魏忠賢派劉應坤向孫承宗示好，孫承宗沒有理會。又有魏廣微等人傳言，說孫承宗想要清君側。魏忠賢發動閹黨彈劾，因為柳河之敗，孫承宗辭官回鄉。
朝廷以兵部尚書高第經略遼東、薊鎮、天津、登萊等處軍務，高第上任之後便改變方略，撤退山海關外守軍。
這一畏懼退縮舉動，誘發後金大舉西進，爆發寧遠之戰。寧前兵備袁崇煥，在寧遠之戰中脫穎而出，挫敗後金進攻。
這場勝利，讓天啟皇帝喜出望外，稱為“十年積弱，今日一旦挫其狂鋒”，“庶仰雪三朝之恥，慰朕宵旰之懷”。
魏忠賢因此冒領功勞，給侄子魏良卿封爵。
袁崇煥在寧遠大捷後升任遼東巡撫，遼東經略高第革去玉帶閒住。朝廷派薊遼總督王之臣，以兵部尚書擔任遼東督師。
然後，袁崇煥因為擅自遣僧吊贈努爾哈赤、借吊祭議和的問題，被王之臣上疏彈劾。兩人矛盾太大，王之臣引疾求去，被朝廷解任回部。袁崇煥以遼東巡撫身份，主持遼東事務。
當時在朝中擔任兵部侍郎的袁可立，認為此事“辱國非計”，被閹黨擔心壞了魏良卿封爵，廷推為南京戶部尚書，被迫致仕回鄉。
在這之後，黃台吉率領後金兵馬圍錦州、攻寧遠，爆發寧錦之戰。這一戰中，滿桂脫穎而出，袁崇煥一味防守，被認為“暮氣難鼓”，準其引疾求去。
然後王之臣複任遼東督師，兼任遼東巡撫。但他仍然和袁崇煥舉薦的趙率教不合，和督師遼東太監劉應坤也不合，無法理順遼東局勢。
朱由檢梳理天啟以來遼東封疆大吏，發現還是孫承宗督師那段時間最為穩定，沒有那麼多亂七八糟的事情需要朝廷操心。所以他讓孫承宗複任遼東督師，把遼東上下理順