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往後的日子裡，因為輝夜封印了和清司相關的所有記憶，所以她也理所當然的失去了那段她吊打大筒木浦式的記憶。
因此，對於隨時都有可能會降臨忍界追捕她的“金葡萄”三人，她很是焦慮。
日複一日，大筒木輝夜的擔憂和焦慮程度不斷加深，終於，她將體內的十尾分離了出來，重新化作神樹紮根於忍界......！
她需要軍隊，也需要更強大的力量！
但是，忍界這裡，除了那寥寥無幾的自然能量修煉者，絕大多數的人類都是手無縛雞之力戰鬥力隻有5的渣渣。
因此，她要求在她統治下的人類，定期的去對神樹進行“供奉”，以供她挑選出合適之人去製作成白絕。
時間飛逝。
很快，被她賦予了查克拉的兩個孩子，羽衣和羽村長大了......！
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羽衣在妙木山蛤蟆的蠱惑下，違背了大筒木輝夜的禁令，私自前往了神樹進行探查，發現了人類“供奉”神樹的真相，並且更是因為在神樹這裡發現了他心愛的女孩被母親輝夜“供奉”給了神樹，而怒開了寫輪眼！
原來，在當年輝夜施展“無限月讀”照耀整個忍界的時候，忽略了三個依附於忍界而存在的異空間，而這三個異空間之中，則是生活著掌握有忍界本土力量體係的強大生物。
這三個異空間，正是後世被稱作三大通靈聖地的妙木山、龍地洞和濕骨林！！！
生活在妙木山中的蛤蟆，生活在龍地洞中的蛇，以及生活在濕骨林中的蛞蝓，僥幸逃過了一劫，並且將所謂的“真相”傳承了下來。
而當大筒木輝夜再次種下神樹，收集忍界的自然能量孕育第二顆查克拉果實的時候，除了濕骨林中無欲無求的蛞蝓之外，妙木山的蛤蟆和龍地洞的蛇都決定發起對大筒木輝夜的反抗。
畢竟，這對於它們這些依靠自然能量的生物來說，輝夜的行為可以說是釜底抽薪了，照輝夜這樣搞下去，忍界的自然能量會越來越少，而它們的種族則是會因為自然能量的稀薄而逐漸失去傳承......！
因為妙木山的蛤蟆一族中，誕生了一隻有著極強預言能力的名為蛤蟆丸的蛤蟆，所以，蛤蟆丸便作為妙木山和龍地洞的代表，前來忍界進行了活動。
於是，也就有了輝夜的長子羽衣被蠱惑的事情發生......！
輝夜的次子羽村起初並不想反抗他們的母親，但是由於輝夜的性格原因，以及輝夜將更多的注意力都放在了防備可能到來的“金葡萄”三人上，所以相比來說，羽村和他的哥哥是更為親近的。
也因此，在羽衣的勸說下，無奈的羽村也踏上了反抗輝夜的道路。
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不過，羽村的表現終究是沒有瞞過他的母親。
在羽衣前往妙木山跟隨蛤蟆丸修煉自然能量的時候，輝夜察覺到了羽村的異常，並且通過“白眼·讀心”的瞳術了解了事情的原委，於是，輝夜果斷的將羽村控製住了。
當羽衣習得自然能量，成功掌握六道仙術返回之後，便遭受到了輝夜的質問。
羽衣出言請求母親停止對神樹的供奉，而輝夜卻認為她的孩子不能理解她的苦心，羽村在輝夜的控製下，對羽衣發動了攻擊。
而羽衣則是在“無奈”之下，反手洞穿了羽村的胸膛，使得其脫離了母親輝夜的控製同時，也借此開啟了輪回眼！
隨後，羽衣使用蛤蟆丸贈送的充滿了大量仙術查克拉的仙人符咒，將羽村救了回來。
一場曠日持久的大戰就此爆發了......！
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最終，羽衣和羽村，共同施展了“六道·地爆天星”，將不願意真的動手傷害他們的母親輝夜，封印了起來，而這一封印，便是千年的時光......！
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五彩斑斕的時空移動通道中，清司從高天原空間中取出了在時空爆炸中被他順勢所收取的寶具“犁”。
不過，無論他怎麼研究，寶具“犁”都沒有任何動靜，就好像是其中的查克拉程序在時空爆炸中宕機了一樣......！
很快，不多時，清司便抵達了出口，他的時空之旅，順利結束了......！
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不過就在清司的身影從時空移動通道中消失之後，一聲輕咦透過重重時空傳了過來，正是清司之前所遭遇到的那名神秘存在！
那位神秘存在仿佛是看到了什麼有趣的東西，輕聲笑了笑，如同黃鐘大呂般在無儘的時空間之中炸響，引發了一陣時空間風暴。
祂所施展出的“全能”竟然被突破了！
雖然那隻是祂因為看到了一名久違的大筒木一族之後後，興之所至，隨手施為的，但也不是隨隨便便就能突破得了的......！
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忍界。
原霧隱村實驗室的廢墟位置。
清司追著大筒木浦式進入寶具“犁”所打開的時空移動通道的下一秒，清司的身影驀的浮現而出，他被千年之前的時空直接排斥回到了他原本所在的時空，就仿佛他從未離開過一樣。
但是他腦海中那些和輝夜經曆的點點滴滴，和他體內奔騰不息的仙術查克拉，以及他能感知到在他的高天原空間之中被時停但還仍然存活的大筒木浦式，這些無一不都在向他證明著，穿越時空回到千年之前的一切，都是真實發生的......！