“司務廳由尚書直管，根據需要設處。例如吏部的文選司、驗封司、稽勳司，在南京事務不多，就在司務廳設文選處、驗封處、稽勳處，以正七品知事管轄。”
“唯有考功司，負責考察南京官員，仍舊設司，以正五品郎中管轄。”
“其它各部，同樣照此辦理。”
這是對南京屬官大裁撤、或者說降低級彆。群臣要說不心疼是不可能的，畢竟官位少了，官員的競爭壓力就更大。
但是要為這個反對皇帝的決定，似乎也犯不著。畢竟南京官員很清閒，事情沒有多少。年輕的官員不願去南京當屬官，年長的官員大多位高權重，更不可能去當屬官。
所以朱由檢這個決定，在群臣的默認下，算是就此通過。
朱由檢隨即命令北京吏部同樣設司務廳，下設編製處，專門負責編製調整事宜。南京吏部司務廳同樣設編製處，負責南京衙門編製。
同時，因為北京朝廷被他增設了幾個寺，吏部尚書房壯麗詢問南京朝廷是否需要增設。
朱由檢考慮之後，決定道：
“南京太仆寺，實際作為南方行太仆寺。”
“南京衛尉寺，由南京錦衣衛兼任。”
“南京少府寺，負責南京文思院和龍江提舉司、清江提舉司等機構，主要負責造船。”
“南京大理寺、太常寺、鴻臚寺、光祿寺、宗正寺，設少卿一人、司務廳主事一人，負責日常事務。司務廳下屬是否需要設處，看其職責安排。”
“南京通政司同樣隻設右通政，設司務廳管轄事務。”
“南京都察院要負責南京衙門監察，以後再具體調整。”
“南京還有什麼重要職務？”
房壯麗回道：
“南京國子監，也就是南京太學，多有學子在內。”
“還有提督操江一人，以副、僉都禦史為之，領上、下江防之事。”
“提督操江劉誌選，劾張國紀以撼中宮，傾搖母後，驅逐戚臣，已被定為逆案第三等。”
這是閹黨罪名最高的人之一，排在第三等附逆首位。