可以說，朱由檢是放棄了內廷對海關稅收的控製權，換取了海關總署的成立。
這對朱由檢來說，是一個重大損失，卻也是沒辦法的事情。因為市舶司在內廷控製下，根本收不到多少稅收。在文官和海商的抵製下，內廷很難分潤海上貿易利益。
而且市舶提督太監也有很多肆意妄為，為自己撈取好處。他們撈的那些錢，在死後直接被地方三司瓜分，根本到不了內廷。
所以朱由檢乾脆把這一塊讓出去，授權海軍去收關稅，為朝廷增加收入。
這種完全為朝廷財政考慮的做法，贏得了文官的一致稱讚，換取了海關總署的順利設立。
至於朱由檢悄悄埋伏進去的四海銀行，則被他們忽視。
成立海關總署之後，自然要確定設立幾個海關。朱由檢道：
“海關總署暫時由海軍護軍使親管，可以在沿海各省設立分署，以護軍都尉管理。”
“在天津、登州、蘇鬆、寧波、泉州、廣州六地的港口建立海關署，明確各地允許出口的貨物，以及關稅比例。”
“所有船隻都要按排水量注冊，按貨物重量和價值繳納稅收。”
“沒有納稅證明的船隻，一律以走私看待，海軍有權緝捕。”
“如果被查出販賣違禁物品，或在港口偷漏稅的，海軍可以罰款。”
這個權力，等於是說海軍可以在海上為所欲為，俞谘皋當然喜出望外。
不過對月港沒有設立海關，他還是有些意外，提醒皇帝道：
“漳州月港，一向是海貿重地，應當設立海關。”
一個海關就是一個口岸，朱由檢基本是按照一省一個設立。聽到月港現在的地位這麼重要，他在考慮之後，說道：
“那就把福建漳州、廣東潮州、南直隸海州、山東膠州灣都加進去。”
“暫時就這十個口岸，以後按需要增減。”
這些地方都是後世有名的口岸，朱由檢認為暫時是足夠了，再多可能會亂。
就是這十個口岸，問題都有不少，朱由檢覺得不一定都能順利開起來。
例如蘇鬆口岸，指的是蘇州府和鬆江府。現在黃浦江的出海口歸蘇州，兩個地方一定會為口岸開在哪裡扯皮。
膠州灣在後世是重要城市和海軍基地，在膠萊運河暢通時也很重要。但是現在膠萊運河湮廢，這地方就不怎麼重要了。
若非朱由檢想鼓勵山東移民，減輕北方人口