“禦藥房、禦茶房、禦酒房相互監督，還有監督禦用監、尚膳監、尚衣監職責，凡是送到禦前的，都要仔細查驗。”
特意留下這三房，直接讓身邊人掌管。朱由檢對自己的安全，可謂慎之又慎。
其它衙門，朱由檢讓劉若愚調整時具體處理。像貓兒房那樣的玩物就歸入禦用監，牲口房歸入禦馬監，洗帛廠歸入尚衣監，園果廠和花房歸入尚膳監。不能有一處遺漏，都要確定負責人。
然後就是外差，派遣到宮外的鎮守太監、宮門的掌門官等，仍是司禮監負責——
內廷其它衙門管不到的事情，都由司禮監管。
至於宮內的女官，六局的職權早已被交給宦官，隻存尚寶四司，朱由檢沒有改變。
隻是以魏忠賢和客氏謀逆的事情，強調宮正司要和都知監一起糾正宮中陋習，像是對食、菜戶這樣的事情，以後在宮中決不允許。
宮女沒有品級的，到了一定年齡就放出宮，另外選人替代。不能讓太監和宮女合謀，在宮中盤根錯節。
這樣一來，內廷衙門就大致理順了。有司禮監、禦馬監、都知監、內官監、禦用監五監被朱由檢重用，尚膳監、尚衣監兩監相對重用。
還有司設監、尚寶監、印綬監、神宮監、直殿監五監，仍是原本模樣。
增設的內府監朱由檢不打算全用宦官，和上林苑監、錦衣衛監、欽天監一樣，兼用宮外人員。
內府監負責工業商業財務，上林苑監負責農業土地屯田，錦衣衛監負責情報侍衛，欽天監負責天文曆法。
這些監合在一起，並稱內廷十六監。細分為宮內十二監、宮外四監。
四司八局雖然仍舊存在，卻淪為附屬衙門。十二監四司八局並稱二十四衙門的舊事，自然不複存在。
確定這些衙門之後，朱由檢又正式設置官職，下令道：
“各監設掌印太監一員，負責總掌事務。”
“提督太監一到數員，輔佐和監督掌印太監。”
“各監附屬的司局房等衙門，設提督太監或協理、僉書管理，掌管印信獨立辦公，受所附屬的監兼管。”
“太監須有從五品侍直大夫以上散官，協理、僉書隻需有郎官散官即可擔任。”
說著，他開始任命各監掌印：
“司禮監掌印太監王體乾，仍舊掌管司禮監，兼任東廠提督太監。”
“司禮監秉筆太監、禦馬監掌印太監高時明，仍舊掌管禦馬監，監督戶共二部收支。”
“司禮監秉筆太監、都知監掌印太監王文政，負責宮內監察，審查內廷人員。”
“司禮監隨堂太監、內官監提督太監、掌管內官司劉若愚，負責整理內廷職官，重新任命內官。”
“內官監掌印太監是誰擔任？是否能夠配合？”
劉若愚趕緊回道：
“內官監掌印李永貞，是逆賢心腹。”
“已列入首逆同謀，被查抄家產。”
朱由檢看了他一眼，說道：
“