對於這個問題，朱由檢的辦法就是設置各級護軍，讓護軍逼迫總兵、副總兵等武將，必須執行軍令：
“各級護軍負責軍中內政，沒有指揮權限。”
“但是他們有權監督軍令執行，如果主將推諉不前，護軍有權催促，甚至以違背軍令解除主將職權，按指揮順序由其他將領替代。”
“護軍使和護軍都尉上任時，可從警衛司申請一隊警衛，幫助軍中執法，守衛自身安全。”
“護軍和警衛如有死傷，錦衣衛追究到底。”
這個措施，讓護軍這個文職軍官體係，更加深入軍中。統領他們的護軍使，職權自然更大。
袁可立作為文官，不可能不支持這個政策，當即就表示護軍可以擁有這個權限，監督武將行動。
朱由檢這樣約束武將，其實也是不得已。以大明現在的狀況，武將是不得不用的，要給他們地位。
但是一味提高武將的地位而不加約束，卻又會引發很多問題。
尤其是一些武將不知敬畏，立下功勞就會跋扈自大，朱由檢既要小心他們軍閥化，也要小心他們的親信部下在地方橫行無忌，肆意擾亂地方。
就像西北剿匪，朱由檢並不擔心能否取勝的問題。更擔心的是兵過如篦，剿匪的同時把地方劫掠一遍，逼更多的人造反。
之前的川貴總督張我續，就被人彈劾“師無節製，淫掠較賊更慘”。
這種劫掠百姓的行為，被朱由檢深惡痛絕。所以他仿照後世的政委設置護軍，讓護軍保護軍隊的同時，監督軍隊紀律。
同時以錦衣衛率領衛尉署，負責軍中執法。
西北剿匪工作，要在護軍使和鎮撫使上任，把軍隊整訓一遍後，才能徹底展開。
想起鎮撫使，朱由檢又感覺遼東需要有人主持執法工作，下令道：
“在山海關設東北鎮撫使，直轄遼東衛尉署，負責情報和執法工作。”
“東北鎮撫使以錦衣衛指揮擔任，兼理後金、草原、朝鮮等處情報。凡是涉及三個地方、有關東北戰局的情報，東北鎮撫使都有權搜集獲取，並把相關情報提供給遼東督師參考。”
“前錦衣衛指揮同知、南鎮撫司掌司事張道浚，起複為錦衣衛指揮僉事、東北鎮撫使。”
“金吾衛世襲百戶駱養性，擔任遼東衛尉署都尉，負責遼東執法。”
對錦衣衛和衛尉寺的事情一言而決，朱由檢又向袁可立道：
“遼東衛尉署的組建，袁卿要幫襯點。”
“遼東廷尉署也要及時組建，單獨設立軍事法庭。”
“遼東監軍署和下屬的廉政、審計、檢察、調查機構，也要及時組建。”
“總之，遼東各部門都要完善，朝廷每年撥付的幾百萬錢糧，大明百姓上交的遼餉，不能不