“以後太仆寺由兵部督導，官員由兵部選任。”
這是給兵部增加一個附屬的正三品衙門，兵部如何不滿意。而且秦士文回京後兼任太仆寺卿，明顯是表示太仆寺雖然不是兵部直管，卻是兵部侍郎管理，和直管幾乎沒有什麼區彆。兵部再有不滿，那就不像話了。
而且軍械司的職責，也明顯不是車駕司能比的。損失一個車駕司，換來附屬的太仆寺和直屬的軍械司，他們當然能接受。
處理了太仆寺的事情，朱由檢將太仆寺、太常寺的正六品寺丞提升為正五品，但是原有官員品級不變，改任同品級的正六品主事，讓兩寺和吏部選拔官員，擔任正五品寺丞。
這下除了原本的寺丞變成主事有些不滿，其他官員都很讚同。尤其是六部主事和員外郎，想著去擔任寺丞也不錯，至少級彆升了、寺丞這個名字也好聽。
考慮到太仆寺職權提升，太常寺如果不提升的話，排在它前麵底氣不足。朱由檢將僧錄司、道錄司、祠祭司、文廟、城隍廟等和宗教祭祀有關的職能幾乎全部劃入太常寺，讓太常寺的職權大增，重新有了底氣。
同時，作為對禮部的安撫，朱由檢規定太常寺成為禮部遷轉機構，由禮部負責督導。
並且在禮部新設禮樂司，負責祠祭司遺留下來的擬定諡號廟號等職能，並負責整理樂曲舞蹈、民間詩歌、戲劇曲藝，宣傳精神文明，管理教坊司等。
新設教育司，負責全國文教，從儀製司分出貢舉、學校職能。以後還打算增加規範語言文字、傳播漢語漢字、製定教科書、教師資格認定、學位授予等職能。
給儀製司增加規範地方法規、民間鄉約、宗族家法、整理民間習俗和革除陋習等職能。
如此一來，禮部的四個司：儀製、祠祭、精膳、主客。祠祭司分出去後新設了禮樂司，儀製司職能變化，還新設了教育司。
這種變動實在太大，讓朱由檢放下把禮部主客司交給鴻臚寺的打算，決定把朝貢和外交事務仍舊留在禮部。精膳司因為和光祿寺職能相似，被他合並在一起：
“光祿寺卿從三品不變，原正五品少卿改任正五品寺丞、從六品寺丞改任正六品主事。禮部精膳司改隸光祿寺，精膳司郎中遷正四品少卿。”
“鴻臚寺多了朝會議事備案和廷推計票職責，正卿由正四品提升為從三品，原從五品少卿改任正五品寺丞、從六品寺丞改任正六品主事。”
“兩寺其餘少卿暫不任命，等主持鄉試的翰林院官員回來再說。以後兩寺事務，和太常寺一樣由禮部督導。”
這樣調整下來，光祿寺和鴻臚寺也能撐起從三品衙門。兩寺低於大理寺、太常寺、太仆寺半品，仍能並稱五寺。
這下光祿寺和鴻臚寺也滿意了，畢竟級彆提升、事務增多之後，他們的權力增加不說，很多人還提升了品級。
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