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第一次常參會議處理了吏部事務，第二次常參會議自然要處理兵部事務。這是目前被納入常參會議的兩個部門，朱由檢要直接插手部務，造成既定事實。
所以九月五日，朱由檢在武英殿召集大學士、九卿和兵部、兵科、五府等相關人員，召開第二次常參會議，處理這幾日積壓的兵部事務。
首先是九月二日的奏報，兩廣總督商周祚送來紅衣銅銃二門、鐵銃八門並鐵彈什物等項，朱由檢向兵部官員詢問道：
“這些武器是誰要求商總督送來的？準備做什麼用？”
兵部尚書崔呈秀昨日參加常參會議回去，便以自己被參劾為由，上表請求回鄉守製，今日沒有參加會議。
兵部左侍郎加兵部尚書銜田吉是魏忠賢義子、閹黨五虎之一，不到一年就由職方司郎中加銜兵部尚書，平日裡有時間就去討好魏忠賢，如何能知道這件事的始末？一時訥訥不言，後背冷汗涔涔。
兵部右侍郎加兵部尚書銜呂純如剛剛護送惠王就藩回來，也不清楚這件事的始末，隻能向皇帝道：
“陛下，這些武器應該是商總督知道朝廷有戰事，特意采買進獻的。”
“陛下應嘉獎商總督，武器貯存備用。”
朱由檢聽得眉頭大皺，說道：
“什麼是應該是？”
“兵部的事務，平時就這麼粗疏嗎？”
呂純如無法回答，隻能低頭不言。
前任薊遼總督、如今協理京營戎政加兵部尚書銜閻鳴泰這次列席會議，見此便提議道：
“陛下，追究事情緣由不是急務，隻需發文詢問商總督便可知道究竟。”
“這些武器既然送來了，臣以為應該發到京營或者遼東前線，方能物儘其用。”